水果虽好吃，但吃得不当反而对身体有害，因此如何吃水果亦有讲究。 吃哪种水果，应根据自身的体况来选择。如石榴、杨梅等含果酸较多， 不适于胃有毛病的人食用；柿子、桃子等含鞣酸较多，有习惯性便秘者应少吃或不吃；葡萄、 桔子、樱桃等性温热，体质燥热者不宜多吃；梨、香蕉等性寒， 产妇和脾虚腹泻者应不吃；苹果、菠萝等性平，各类体质的人均可食用。
生病的人吃水果应对症选食。如山楂可降血脂、血压，桂圆肉中防肝脏损害， 红枣有补血、健脾、和胃、解毒之功效生津、清热，柑桔可补钙，梨能润肺化痰丰富的水， 香蕉能润肠通便等。肝炎病人食含维生毒c和胡萝卡素果 ，糖尿病人食含糖较低的水果，对促进病情好转大有益处。水果虽有药用功能，但注意不要与药物同时吃，因为果酸与药物中的碱起中和反应会影响疗效，有的中药更是忌食生瓜果。
吃水果应适量适时。多吃性寒和含酸较多的水果会伤脾胃，多吃性燥的水果容易“上火”，多吃含糖高的水果可导致“水果尿症”。吃水果一般在饭后1小时左右为宜，而不应在饭前吃，否则会影响食欲，果酸会对食物中蛋白质起凝固作用影响消化吸收。 吃水果还应洗净削（剥）皮后再吃， 以免表皮残留的农药等污物引起慢性中毒和病从口入。