顺治三年（公元1646年）
十月十日，南明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、广东巡抚王化澄、肇庆知府朱治（间）等拥立朱由榔监国于肇庆。十四日继皇帝位，年号永历。
朱由榔下令在肇庆开铸“永历通宝”钱。朱由榔（1623-1662）为万历皇帝之孙，崇祯皇帝的堂弟，崇祯六年册封为永明王，后袭兄桂王位。
十一月五日，南明大学士苏观生与南明广东布政使顾元镜等在广州另立唐王之弟朱聿（金粤）为帝，年号绍武。永历王朝与绍武王朝严重不和。两军曾激战于三水，永历军败。
十二月，永历大臣方以智、李永茂，为大监王坤所忌，辞官而去。是月，福建入粤的清军李成栋率步、骑各二万攻破广州，杀朱聿（金粤），绍武王朝灭亡。二十三日李成栋沿西江上进攻肇庆。二十五明永历帝仓皇逃往梧州，以朱治间为两广总督守肇庆。
顺治四年（公元1647年）
正月十六日，李成栋率清兵攻破肇庆。明守将邓彦总死，两广总督朱治间弃城逃走。二十七日，李成栋水军控制了德庆江面。是月，肇庆陷清后，原罗定西山把总朱家臣返回西山自称都督，统率罗定各处南明力量抗清。清兵占据东安后，朱即反攻，杀死清知县邱（山禺），并乘势进攻南乡所。后为清罗定兵备道王芋击败。
五月，清以佟养甲为两广总督兼广东巡抚，驻扎肇庆。五月，西江大水，水浸封川、德庆州城门，高要决堤。七月，南明广西参将管大胜攻占开建。高要举人杜璜联络金利等乡民，力图收复肇庆，与清兵战于蕉园。为清兵击败，杜璜战死。
顺治五年（公元1648年）
正月，罗定新任兵备道李士琏率兵镇压州内各处起义。二月，清军攻陷开建。三月，清不江西右都督金声桓归附南明永历王朝。六月，清广东提督李成栋归附永历王朝、广东全境复归南明。九月，朱由榔爱李成栎之请，还驻肇庆。
顺治六年（公元1649年）
正月，驻肇庆的永历王朝内“楚党”与“吴党”之争激化。永历帝为息“楚党”起哄，无奈罢了“吴党”大学士朱天麟父子的官。
三月，清兵大举进攻湖南、江西。南明兵败，重要将领何腾蛟、李成栋等战死。主力退守广西和粤赣边界。
四月，明将张献忠余部首领孙可望遣人至肇庆，向永历帝请求封赐。七月，明福建郑成功遣使往肇庆朝永历帝，奉永历为正朔后被封为延平郡王。十二月，永历王朝在肇庆开科取士。授刘苣等八人为庶吉士。
顺治七年（公元1650年）
正月，清军攻克梅关，夺南雄、韶州，军锋指向全粤。肇庆永历王朝大恐。九日，朱由榔登上停泊在西江的官船。十三日，逃离肇庆往梧州，留袁彭年、李元胤两将领守肇庆。
十二月，清平南王尚可喜部总兵许尔显攻陷肇庆，南明守 将李元胤战死、陈邦傅投降。朱由榔逃离南宁。西江各县城 为清军占领。
顾治八年(公元l651年)
春，肇庆府乡间仍沿用南明历法，而清军占领的城镇则用清朝历法，出现城镇与乡间春节不同日的现象。
三月，大西军余部主帅孙可望，遣兵往南宁除掉反对势力，实现与永历王朝联合抗清。四月，罗定南明将领罗成基降清。
是年，清开始在广东实行乡试。
顺治九年（公元1652年）
七月，大西军将领李定国攻破桂林。清定南王孔有德自杀，广西全境归南明。封川山民宠国振、李花林等响应李定国反清。八月，罗定原南明将领罗成基率部反清。
顺治十年（公元1653年）
二月，罗成基连结各路人马，分兵十三大营围攻罗定州城，半月不克，后退入三都。
五月，李定国为避孙可望，由湖南入广西从怀集至开建、封川而围攻肇庆。清总兵许尔显死守。清靖南王耿继茂自广州援肇，与李定国部战于四会河口。七月，李定国从肇庆往广西方向退却。
是年，高要、封川、新兴、罗定等县大饥荒。
顺治十一年（公元1654年）
三月始，李定国复从广西柳州出发攻粤，破西宁、罗定、东安、新兴、电白、阳春、阳江、恩平、高明等地。十二月，李定国再攻肇庆不克，退回广西南宁。
顺治十二年（公元1655年）
正月，李定国退返云南与刘文秀部结合。十二月，罗定南明将领罗成基在作战中兵溃身亡。
是年，李定国秘密迎朱由榔驻昆明，朱由榔封李定国为亲王身份，主裁军事。
顺治十四年(公元1657年)
朱由榔下令讨伐孙可望，李定国与 孙激战予云南曲靖。孙大败，逃到湖南武岗降清。
十月，德庆州城东楼古钟被盗，该钟为唐贞观五年铸造，重 2400斤。十二月，李定国兵败退至北盘江。
顺治十八年(公元1661年)
清两广总督李牺风调杯集、广宁、 四会、阳山、清远官军镇压四会池水乡冯天保起事。
康熙元年(公元1662年)
四月，清命镇守云南的吴三桂用弓弦 绞杀朱由榔，南明永历王朝结束。
康熙二年(公元l663年)
十月，高要、新兴等地见慧星。逾日始灭。
是年，德庆州恢复沿江戊所。裁罗定兵备道并归岭西守道。
康熙四年（公元1665年）
八月十一日，高要、德庆州、罗定州、新兴等地地震。罗定地震发生在凌晨，墙垣摇动，瓦片跌落。
是年，广东总督仍兼管广西，继续驻在肇庆。
康熙九年（公元1670年）
八月，肇庆大风雨、树倒、平地水深3尺。
是年，以罗定副将移驻广州。复设分守道。设分巡广肇南韶道，驻肇庆府城。
康熙十四年（公元1675年）
三月，吴三桂命东路总管马雄东进。马雄克高州及肇庆各属，围攻肇庆，清两广总督金光祖投降。
六月，怀集地震。
康熙十五年（公元1676年）
正月，吴三桂部将郭义、祖泽清统兵数万，自罗定开往新兴。马雄由肇庆出发攻新会。
二月，马雄攻新会受阻，搞回肇庆，屯兵金渡乡沙头。
七月，吴三桂部将赵天元万余人驻守罗定。
康熙十六年（公元1677年）
清两广总督金光祖回肇庆治事。吴三桂军大势已去。肇庆府属西宁等及罗定州陆续归清。
康熙二十五年（公元1686年）
七月，肇庆副将鲍辅仁领兵镇压阳江山区起事民众。
是年，两广总督吴兴祚于肇庆府城开铸钱局。
康熙三十三年（公元1694年）
五月，广宁、高要洪水。高要决堤十分之九，广宁城墙塌8处。共60余丈。
康熙四十年（公元1701年）
五月，肇庆各属洪水，高要护城堤决，黄岗圩屋舍毁坏20600余间，淹没田地7900余顷。封川德庆水浸城门。
康熙四十七年（公元1708年）
两广总督赵宏灿于肇庆钱局旧址（今肇庆中学)建立天章书院，后名端溪书院，藏书极丰，为两广规模最大的学府。状元林召棠等曾担任院长。光绪三十一年改名为肇庆府中学。
康熙四十九年（公元1710年）
开建北山崩，发现金矿，各地前来强行开采的人甚众。
康熙五十五年（公元1716年）
五月，封川丰寿山遭雷击，雷击面长里许、宽十余丈，草木尽焦。十二月，新兴下雪。
雍正四年（公元1726年）
实施“保甲法”，十户为一牌，十牌为一甲，十甲为一保。
雍正六年（公元1728年）
禁止百姓私自出洋和民间演习拳棒。
雍正八年（公元1730年）
五月，肇高廉罗道改为肇罗道，仍驻肇庆。罗定知州王植奉命维修城墙。
乾隆二年（公元1737年）
怀集发生牛瘟。
乾隆六年（公元1741年）
七月，德庆发生蝗灾。
乾隆九年（公元1744年）
肇庆府同知受朝廷命移驻广州府香山县前山寨。专司海防，查验进出口海船，兼管澳门包括外国人的民事，通称澳门同知。而其原来职责，归并肇庆府通判兼理。
乾隆十一年（公元1745年）
两广总督驻地由肇庆移至广州。
乾隆十七年（公元1752年)
著名学者全祖望担任肇庆天章书院院长。
乾隆二十二年（公元1757年）
肇庆知府吴绳年扩建天章书院，并改名为端溪书院。
乾隆三十二年（公元1767年）
回教徒刘士芳等捐资增建祝家路、水师营两清真寺。
乾隆三十九年(公元1774年)
两广总督李侍尧查缴屈大均著作 《广东新语》，书中肇庆掌故甚多。
乾隆五十四年(公元1789年)
七月，广东巡抚令肇庆知府宋志益，全力镇压开建金山反抗民众。
乾陷五十九年(公元1794年)
夏秋间，两江发生特大洪水，沿江各县田禾受浸，房屋倒塌甚多，仅高要即溃堤22处，损坏房屋4199间。
嘉庆元年(公元1796年)
夏，封川大水、八月地震。西宁丰收。
嘉庆十二年(公元1807年)
广宁民间捐资在交通要道建青云、 接龙两石桥。
嘉庆十三年(公元1808年)
六月，广宁发生蝗灾及地震。四会 秋旱、颗粒无收。是年怀集旱。
嘉庆十四年(公元1800年)
春夏间，四会大饥荒，斗米贵至银 二钱三、四分。是年，高要、广宁、怀集等县饥荒。
嘉庆十七年(公元1812年)
德庆悦城金林山民起事，越过天雁山，攻袭德庆、广宁、封川、开建、怀集等地。两广总督阮 金令肇庆府、韶关府、怀集等县官军“会剿”。
嘉庆十八年(公元1813年)
五、六月，西江、绥江特大洪水，肇庆各属、罗定州、怀集等地均遭洪灾。四会黄塘、姚沙等大部分堤围冲决。高要泰和、长利等8条堤围崩决。民房倒塌无数。