相比之下，蒋介石出于置之死地的考虑，却对最后的落脚点台湾予以了殊死的重视。1948年底，在东北和华北战场上一败涂地的蒋介石面对一片谴责，开始考虑暂时下野“引退”。美国参谋长联席会议副主席魏德曼向他提出了一个“退保中国东南与台湾地区”的建议。蒋介石思考再三，认为只有依靠美国的强大海上和空中军事力量，利用台湾海峡才能暂时阻止没有海、空军优势的解放军。1948年12月24日，蒋介石任命前参谋总长陈诚出任台湾省政府主席，不久兼任台湾省警备总司令；12月29**又派蒋经国为国民党台湾省党部主任委员，协助陈诚经营台湾。这是历史上从未有过的重视台湾之举。1949年4月解放军渡过长江后，5月蒋介石飞抵台湾，6月在台北设立总裁办公室，成为实际上的国民党政府最高领导核心。
6月21日，蒋介石以国民党总裁身份首次出马，亲赴福州，召开驻闽部队团以上军官会议，一再强调说：“大家应当知道台湾将是党国的复兴地，它的地位的重要性异于寻常。比方台湾是头颅，福建就是手足。”会后他亲自召见部分师以上军官说：“有我领导你们，有台湾在，即使大陆尽失，也可以复兴。”［17］会后，对国民党军驻守福建部队进行了整编，确定了新的防御部署。月底，蒋介石在台湾又召开东南军政会议，强调确保台湾作为反攻大陆的基地，要求集中可能集中的力量，巩固东南防务和台湾外围屏障。陈诚做了固守台湾的军事报告，7月18日被任命为东南行政公署长官。此时，国民党军在福建沿海共有12至15万兵力，超过解放军第十兵团入闽的9万人；在台湾有20万兵力，超过三野进攻台湾第一梯队的3个军，相当于三野准备动用进攻台湾的全部兵力。厦门、漳州失守后，蒋介石更加重视金门的战略地位，说：“无金门便无台澎，有台澎便有大陆”，急电汤恩伯固守；同时不顾在广州的李宗仁国民政府安危，调胡琏的十二兵团北开金门增援。至于西南，蒋介石虽然飞赴重庆，要求胡宗南坚守，鼓吹“迁都重庆，割据西南”，但自己心中对西南前途已了如死灰，拒绝留在重庆“共存亡”。
从后来的战事发展态势看，湖南、新疆、云南包括四川一部相继和平解决，二野进攻西南并没有遇到特别顽强的抵抗，多是追击战，鲜见太原、天津式的攻坚战役。蒋介石部署的成都保卫战也一捅即破。由于有陆运特别是航空、海运的优势，一部分国民党败军仍然撤到了海南岛和台湾，另一部分流窜到了泰国、缅甸。当时解放军在西部占有绝对优势，虽然保证了战事的顺利发展，但兵力最后也过多了。新疆的许多部队后来就地改编为新疆生产建设兵团。相形之下，东部沿海局部军事力量对比解放军并不占有优势。然而在一部分三野指战员中，却出现了轻敌、急躁情绪。
7月2日，第十兵团出发进军福建，头几仗是顺利的。8月13日、10月17日攻占福州、厦门之后，第十兵团的主要部队和兵团首长、28军军长、政委都留守城市处理市政和养病，只派28军副军长萧锋和政治部主任组成前线指挥所，从三个军分别抽调7个团兵力进攻金门。由于缺少船只，实际只有3个团登陆金门岛，没有一个师以上的指挥员在场统一指挥。
金门之战打响之际，国民党守军已得到胡琏十二兵团增援达4万人，大大超过解放军登陆作战部队的8736人，于是解放军遭致三年解放战争以来最大的失利，进攻部队全军覆没，阵亡和被俘9086人。
金门作战失利后，毛**即认识到了这一失误的严重。10月29日，他以****的名义批转了《关于攻击金门岛失利的教训》的通报，要求“各兵团及各军负责同志，引起严重注意”，并以****的名义写下批语：
当此整个解放战争结束之期已不在远的时候，各级领导干部中主要是军以上领导干部中容易发生轻敌思想及急躁情绪，必须以金门岛事件引为深戒。对于尚在作战的兵团进行教育，务必力戒轻敌急躁，稳步地有计划地歼灭残敌，解放全国，是为至要。［18］
随后，毛**对进攻海南岛也采取了慎之又慎的态度。10月31日，他明确指示四野林彪：
因此在广西问题彻底解决以前，邓华兵团(两个军)必须全力镇守广州(主力)、韶州(一部)之线，不要进攻雷州半岛，更不要攻海南岛。华南分局决定邓华兵团迅速离开广州南进的计划是不妥当的。［19］
11月3日，第三野战军第21军发起定海(即舟山群岛)战役。4日，毛**本已复电同意粟裕等人的定海作战方案，称“我们认为”你们采取的方针“是正确的”。但就在此日，由于对敌据岛顽抗及援军迅速登岛估计不足，解放军在攻击定海登步岛的作战中遭到敌守军、援军和海空军的联合反击，再次失利，伤亡1490人，被迫撤离。11月14日，毛**又给粟裕发去电报指出：
舟山群岛共有敌军五万人，并有颇强的战斗力，你们以两个半军进行攻击是否足够？鉴于金门岛及最近定海附近某岛作战的失利，你们须严重注视对定海作战的兵力，部署，准备情况及攻击时机等项问题。如果准备未周，宁可推迟时间。［20］
此后，蒋介石受金门、登步岛大捷的鼓舞，向舟山、海南、金门增加一倍重兵扼守。毛**和****顺势制定了分别攻取各岛，斩其爪牙，再直捣台湾的战略。进攻台湾仍在紧张的准备之中，三野专门派人参加了攻占海南岛的战役，学习渡海作战经验。空军、海军攻台部队的组建训练也加紧进行，11月成立了海军第一、第二舰大队。当时，三野前委也曾向****提出过不攻舟山而直取台湾的方案，但认为这必须有空军的绝对优势，而金门仍须先于台湾攻占。